В 2000 году чудовищная катастрофа — «Второй удар» — погубила половину населения Земли. Спустя 15 лет, оправившись от потерь, человечество столкнулось с новой угрозой — нападением неизвестных существ, названных «Ангелами». Чтобы им противостоять, специальное агентство ООН NERV построило несколько единиц универсального человекоподобного оружия решающих битв "Евангелион", а их пилотами стали три подростка.
Один из них — Синдзи Икари, сын командующего NERV. Но пилотирование Евангелиона и битва с Ангелами — не единственное тяжёлое испытание в его жизни, ведь общение со своим командиром Мисато Кацураги, сотрудниками NERV и одноклассниками даётся ему не легче… Издание включает в себя оригинальные тома 1 и 2.